Principalul domeniu de activitate al FiM vizează articularea strânsă dintre studierea arhivelor, proiectele de editare filologică și formarea în vederea cercetării. Având, prin membrii Centrului și prin programele deja derulate, o vastă experiență în domeniul editării filologice, FiM e dedicat identificării și valorificării arhivelor, văzute atât ca spațiu de prezervare a complexității istoriei culturale în modernitate, cât și ca mediu de formare intelectuală în spiritul disciplinei filologice. Acest domeniu de activitate se structurează în funcție de trei axe:
1. Studierea arhivelor. Desfășurată printr-o serie de colaborări cu câțiva dintre deținătorii de arhive publice din arealul transilvănean (Biblioteca Județeană „Octavian Goga”, Arhiva Minerva, Societatea Maghiară de Cultură din Transilvania – EMKE, Asociația Colegiul Invizibil, Fondul Kántor Lajos, Fondul Cs. Gyimesi Éva, Asociația Kölcsey), dar și din alte spații culturale, studierea arhivelor moderne implică identificarea resurselor semnificative pentru identitatea regională multiculturală și pentru istoria intelectuală a recentă dar și, în același timp, găsirea de noi modalități de valorificare a surselor moderne, precum și furnizarea de expertiză deținătorilor de arhive pentru exploatarea fondurilor documentare.
2. Editare filologică. În conexiune directă cu studierea și exploatarea arhivelor, FiM derulează proiecte editoriale de anvergură dedicate activității și operei unor intelectuali ardeleni sau istoriei asociațiilor și organizațiilor literare și culturale regionale (ediția de opere complete Ioana Em. Petrescu; ediția de studii de folclor ale lui Nicolae Bot; ediția operelor complete ale lui Dumitru Popovici, proiect aflat în derulare).
3. Formare pentru cercetare. În cadrul parteneriatelor cu mai multe instituții culturale locale (Biblioteca Județeană „Octavian Goga”, Institutul de Lingvistică și Istorie Literară „Sextil Pușcariu”), FiM coordonează atât inserția studenților prin organizarea unor stagii de practică profesională, cât și formarea pentru cercetare filologică, prin cooptarea în proiecte editoriale a studenților de nivel superior (master, doctorat).